All’interno trovasi l’antico chiostro delimitato da colonne in pietra la cui sommità è ornata da capitelli in stile ionico.
L'unità museale è attualmente divisa in tre sezioni: la sezione archeologica, ubicata nei locali del pian terra; la sezione Opera dei Pupi e la sezione geologica dedicata al sito geopark rocca di Sciara, che occupano invece i locali del primo piano. Annessi al museo son anche i laboratori di restauro e ambienti adibiti ad attività culturali.
Con l'assegnazione da parte della Fondazione per ospitare la sede del Museo del Calcio Madonita si aggiungerà una quarta sezione posta nel primo piano (in fase di allestimento).